Η ερευνητική μονάδα του Ι.Α.Ν.Ε. στεγάζεται στην αίθουσα 111 του παλαιού κτιρίου της Φιλοσοφικής Σχολής του Α.Π.Θ. και διαθέτει έναν ηλεκτρονικό υπολογιστή, εκτυπωτή και σαρωτή εγγράφων. Έχει πλούσιο αρχειακό υλικό (από σχολεία της Θεσσαλονίκης και της Μακεδονίας, από σχολές της Αρχιεπισκοπής Κωνσταντινούπολης και από σχολεία της Ανατολικής Ρωμυλίας) και βιβλιοθήκη με παλιά και σπάνια βιβλία (αριθμεί περίπου 1.000 τόμους βιβλίων).